Entre a Amazônia e o Cerrado está localizada a Mata Seca, ou floresta mesófila semidecídua. Representa uma forma florestal de manchas inclusas com características comuns do Cerrado, sendo por vezes contornadas ou ladeadas por manchas desse bioma. Quase sempre seus maciços ocorrem em locais afastados dos cursos de água ou da umidade permanente, em terrenos ondulados ou planos. No entanto, os maciços tornam-se menos freqüentes nos declives e dorsos das elevações acentuadas.

O babaçu (Orbygnia phalerata mart) é uma palmeira nativa das regiões norte e nordeste do Brasil. Compõe extensas florestas, ocupando áreas onde a floresta primária foi desmatada. Além do nome babaçu, também é conhecida por bagassú, aguassú e coco de macaco. Ocorre em uma zona de transição entre as florestas úmidas da bacia amazônica e as terras semi-áridas do Nordeste brasileiro.

O clima nessa área é bem mais úmido do que na Caatinga, com vegetação mais exuberante à medida em que se avança para o oeste. A vegetação natural é a mata dos cocais, onde se encontra a palmeira babaçu, da qual é extraído óleo utilizado na fabricação de cosméticos, margarinas, sabões e lubrificantes. A economia local é basicamente agrícola, predominando as plantações de arroz nos vales úmidos do estado do Maranhão. Na década de 80, no entanto, teve início o processo de industrialização da área, com a instalação de indústrias que constituem extensões dos projetos minerais da Amazônia.

Já na transição entre o Cerrado e a Caatinga pode observar-se uma vegetação mais rica que a da Caatinga, com florestas de árvores de folhas secas. Naturalmente, o clima é mais seco que o do Cerrado, com solo mais ressecado e períodos mais intensos sem chuva. A maior parte desta área está na fronteira do Cerrado com o sertão, no interior de estados nordestinos.