Por ser uma área de transição entre os biomas Cerrado, Mata Atlântica,  Amazônia, e Chaco e Chiquitanos na Bolívia, a região do Pantanal apresenta um mosaico de ecossistemas terrestres, com afinidades, sobretudo, com os Cerrados e o Chaco e, em parte, com a floresta amazônica, além de ecossistemas aquáticos e semiaquáticos, interdependentes em maior ou menor grau. 
 
Planalto
 
Os planaltos e as terras altas da bacia são formados por áreas escarpadas e testemunhos de planaltos erodidos, conhecidos localmente como serras. São cobertos por vegetações predominantemente abertas, como campos limpos, campos sujos, campo cerrado, cerrados e cerradões. Essa composição é determinada principalmente por fatores de solo (edáficos) e climáticos e também por florestas úmidas, prolongamentos do ecossistema amazônico e do bioma Mata Atlântica. 
 
Planície
 
Na planície inundável que forma o Pantanal propriamente dito podem ser reconhecidas planícies de baixa, média e alta inundação, destacando-se os ambientes de inundação fluvial generalizada e prolongada. Esses ambientes, periodicamente cobertos por água, apresentam alta produtividade biológica, grande densidade e diversidade de fauna.  
 


---------------------------------------------
Fonte: Ibama (com adaptações)